В условиях продолжительных дождей и повешенной влажности, зерно может начать прорастать, находясь еще в живом колосе. Прорастание начинается тогда, когда ядро поглощает воду и начинает генерировать ферменты, которые расщепляют крахмал и белок, хранящийся в эндосперме. Ферменты высвобождают сахара из крахмала и аминокислоты из белка, которые питают растущий эмбрион.
Альфа-амилаза является одним из ферментов, продуцируемых в прорастающих ядрах. Хотя некоторое количество ферментов альфа-амилазы присутствует в эмбрионе пшеницы, когда начинается процесс прорастание зародыш и слои, окружающие крахмалистый эндосперм, начинают производить ферменты ускоренными темпами. Сильно проросшее поврежденное ядро содержит во много тысяч раз больше количества фермента, чем, например, его количество в ядрах на ранней стадии прорастания. Из-за этого образцы пшеницы, содержащие малое количество сильно проросших зерен, могут проявлять значительную активность амилазы. Альфа-амилаза превращает крахмал в сахара, а так же разрушает гранулы крахмала в пшеничной муке, когда к ней добавляют воду, при производстве теста.